Die Auswahl des geeigneten Nährmediums richtet sich nach Untersuchungsziel, Zielorganismus, Probenmatrix und angewandter Untersuchungsmethode. Je nachdem, ob Mikroorganismen verdünnt, angereichert, selektiv kultiviert oder differenziert werden sollen, kommen unterschiedliche Medien zum Einsatz. Entscheidend ist daher nicht nur die Art der Probe, sondern der gesamte vorgesehene Untersuchungsablauf.

Verdünnungsmedien werden eingesetzt, um definierte Probenverdünnungen für die weitere mikrobiologische Untersuchung herzustellen. Typische Beispiele sind Maximum Recovery Diluent (MRD) oder gepuffertes Peptonwasser (Buffered Peptone Water, BPW).

Anreicherungsmedien dienen dagegen dazu, vorhandene Mikroorganismen vor dem eigentlichen Nachweis zu vermehren. Je nach Untersuchungsverfahren kommen nichtselektive Voranreicherungsmedien oder selektive Anreicherungsmedien zum Einsatz.

Gebrauchsfertige Nährmedien eignen sich besonders, wenn Medien ohne eigene Herstellung direkt für einen definierten Arbeitsschritt verfügbar sein sollen. Sie werden beispielsweise in Flaschen, Röhrchen oder Beuteln angeboten.

Dehydrierte Nährmedien ermöglichen dagegen die bedarfsgerechte Herstellung im eigenen Labor und bieten sich insbesondere dann an, wenn größere Mengen oder unterschiedliche Ansätze selbst vorbereitet werden sollen. Welche Variante geeigneter ist, hängt unter anderem von Probenaufkommen, Arbeitsablauf und gewünschter Flexibilität ab.

Das geeignete Nährmedium hängt von Probenmatrix, Zielorganismus und Untersuchungsverfahren ab. Für die Probenverdünnung werden beispielsweise Maximum Recovery Diluent (MRD) oder gepuffertes Peptonwasser (Buffered Peptone Water, BPW) eingesetzt.

Gepuffertes Peptonwasser kann außerdem bei bestimmten Verfahren zur nichtselektiven Voranreicherung verwendet werden. Für die anschließende selektive Anreicherung kommen je nach gesuchtem Mikroorganismus spezifische Medien zum Einsatz, beispielsweise Half Fraser Broth im Rahmen entsprechender Verfahren zum Nachweis von Listerien.

Für Kultivierung, Differenzierung und Nachweis stehen darüber hinaus feste, selektive und chromogene Nährmedien zur Verfügung. Maßgeblich ist immer die jeweils angewandte Untersuchungsmethode.

Selektivmedien sind auf bestimmte Zielorganismen beziehungsweise Organismengruppen und Untersuchungsverfahren abgestimmt. Ihre Zusammensetzung soll das Wachstum der gesuchten Mikroorganismen ermöglichen oder fördern und gleichzeitig unerwünschte Begleitflora hemmen.

Die Auswahl sollte deshalb anhand des Zielorganismus, der Probenmatrix und der zugrunde liegenden Untersuchungsmethode erfolgen. Je nach Verfahren können vor der selektiven Kultivierung zusätzliche Verdünnungs- oder Anreicherungsschritte erforderlich sein.